Biopython 1.78 : version 4 de l'empaquetage

Palaiseau, le dimanche 6 décembre 2020

Le bug de ce premier dimanche de l'avent est le #976542. Il concerne la suite Biopython 1.78. Ce projet est un peu particulier pour moi : il s'agit de la première bibliothèque de bioinformatique majeure sur laquelle j'ai pu intervenir. Dans l'ensemble des fonctions fournies par la bibliothèque Biopython, on peut trouver du multiplexage de différents programmes de bioinformatique : mkblastdb, tblastx, t-coffee, et j'en passe. Mes pairs sur la liste de diffusion Debian Med appellent la combinaison de ces différents programmes, des workflows ; l'un des membres, Michael R. Crusoe, est d'ailleurs l'un des contributeurs principaux au CWL. Le paquet Debian fournissant le code source du projet Biopython est python-biopython, qui produit derrière un ensemble de fichiers .deb, dont le principal est le paquet python3-biopython.

Une mise à jour récente du paquet dssp, qui fournit le programme mkdssp, en version 4.0.0 a remis à plat les options de la commande et son format de sortie par défaut. mkdssp 3 sortait des fichiers DSSP par défaut, tandis que mkdssp 4 sort des fichiers mmCIF, ce qui rend le nom un peu trompeur. Pour remettre la situat d'aplomb, j'ai modifié le module Bio.PDB.DSSP pour que le programme soit appelé avec son nouvel argument --output-format=dssp. Je ne pense pas que la manœuvre soit transcendante, mais cela signifie que Biopython 1.78 tel que fournit par Debian ne va plus fonctionner avec les anciennes versions de mkdssp.

Afin que le problème soit traité de manière adéquate par les auteurs de la bibliothèque, j'ai remonté le problème sur Github, via le bug #3433. Si j'ai un peu de temps, et de courage, je proposerais peut-être un patch un peu plus construit, capable de s'adapter en fonction de la version de mkdssp rencontrée.

Note à moi-même : ne pas utiliser la terminologie d'ingénierie inverse s'il n'y a pas au moins un peu de strace, de tcpdump ou de désassemblage dans la suite de l'entrée ; ça fait des déçus.

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